Európska federácia infraštruktúry proteomiky – udeľovanie prístupu

Európska federácia infraštruktúry proteomiky poskytujúca prístup (EPIC-XS) Spustené v januári 2019. Združuje konzorcium popredných a najinovatívnejších európskych proteomických zariadení na svete so spoločným cieľom podpory najlepšieho výskumu prírodných vied v Európe. To sa dosiahne získaním podpory v odbornom dizajne a poskytnutím prístupu k sofistikovaným proteomickým zariadeniam vrátane analýzy údajov od miestnych odborníkov. Cieľom projektu je tiež vyvinúť a implementovať nové proteomické a bioinformatické prístupy založené na hmotnostnej spektrometrii (MS) na formovanie budúceho výskumu prírodných vied v Európe. Je financovaný v rámci programu EÚ Horizont 2020 a koordinuje ho profesor Albert Heck, koordinátor projektu a profesor biomolekúl MS na univerzite v Utrechte.

Nadnárodný prístup k EPIC-XS má 2 400 prístupových dní k sofistikovaným proteomickým zariadeniam, hodnoteným medzinárodným nezávislým kontrolným panelom, ktorý zaisťuje dokonalosť a kompatibilitu s používateľmi s vynikajúcim pohodlím pre ich náročné výskumné otázky.

Prehľad MS

Takmer dve tretiny Prostredníctvom tohto štvorročného programu veda Dopyt po prístupe k sofistikovaným technikám proteomiky viedol k viac ako 250 aplikáciám. The Geografické rozdelenie užívateľských aplikácií je dôležité zo strednej Európy, ale aj do krajín pridružených k EÚ, ako sú Švajčiarsko, Nórsko a Turecko. Zastúpených je šesť z 13 krajín EÚ: Chorvátsko, Poľsko, Slovensko, Slovinsko, Cyprus a Česká republika. Je príznačné, že bol požadovaný prístup od Kanady a Spojených štátov, čo naznačuje, že EPIC-XS dosiahol globálne uznanie.

Takéto významné požiadavky na prístup môžu byť spôsobené mnohými výzvami, ktorým v súčasnosti čelia vedci v oblasti prírodných vied. Široké použitie proteomiky v mnohých lekárskych laboratóriách a výskumných ústavoch môže byť vyvážené vysokými nákladmi na údržbu týchto zložitých strojov vrátane ich výpočtového výkonu a vysokými nákladmi na MS vybavenie vrátane drahého spotrebného materiálu. Výzvou z hľadiska dlhodobej udržateľnosti vybavenia MS je získanie, školenie a udržanie vysoko kvalifikovaného personálu.

Testy vykonané používateľmi na prístupových stránkach EPIC-XS už poskytujú informácie:

• Štúdie interakcií bielkovín a proteínov
• Funkcia bielkovín
• Zmeny bielkovín
• Štúdie proliferácie proteínov

Poskytnite informácie, ktoré pokrývajú celú oblasť prírodných vied vrátane diagnostiky, liečby a – v niektorých prípadoch – pokroku vo vývoji bezpečných potravinových výrobkov a potenciálnych biomarkerov chorôb, ktoré prispievajú k nášmu dobrému zdraviu a výskumu. Rast plodín, nový dizajnér. Tu sa pozrieme na prácu niektorých používateľov konzorcia EPIC-XS.

Používatelia verejných a súkromných výskumných organizácií

Dr. Malcorsatta Hydorn-Sarna z oddelenia bunkovej molekulárnej biológie, Vroclavská univerzitaPoľsko skúma účinky rýchleho globálneho otepľovania na rast rastlín. Malcorsatta sa špecializuje na proteomických vedcov Flámsky biotechnologický inštitút – Agent University, Belgicko. Títo vedci sú špecialisti na N-terminálne kofratické postupy a sú vysoko dôležití pri identifikácii proteínových substrátov, OMA1 a I-AAA (FTSH4) Proteíny mitochondriálnej membrány pri tepelnom tlaku rastlín. Súčasné Kofratikove analýzy odhalili špecifické miesta štiepenia týchto dvoch proteínov, čo je typ skríningu, ktorý sa v Poľsku nedá uskutočniť.

„By má nadnárodný prístup Odborné znalosti a financovanie od konzorcia EPIC-XS umožňujú tieto experimenty vo veľmi krátkom čase, “- Malcorsatta.

Sylvester Kurzov, predseda výboru Laboratórium prenosu a metabolizmu signálu, Slobodná univerzita, Brusel, Využili výhody medzinárodného prístupu k Karma laboratórium. Kurzov tím sa zameriava na štúdium úlohy fosfatázy v metabolizme a vplyvu komplikácií spojených s obezitou, ako je rakovina. Jeho víziou je študovať metabolické poruchy pri hľadaní nových cieľov v liečbe týchto príznakov. Laboratórium využíva myšacie modely a ľudské tkanivá s rôznymi technikami na štúdium bunkovej dysfunkcie metabolizmu, vrátane zvieracích modelov, genetickej expresie, RNAC, CRNA, QBCR a analýzy Western Western.

„Za posledných pár mesiacov môj výskum veľmi profitoval z iniciatívy EPIC-XS, ktorá dokázala vyrobiť exponované aj aktívne podrobné obrazovky. posttransfúzna purpura (PTP) Z veľmi obmedzených biopsií pečeňového tkaniva človeka, “- Kurzov.

Patent na niektoré výsledky výskumu Kurso už bol podaný.

Synergy: Prístup na stránky a výskumných pracovníkov

The Spolupráca medzi používateľmi a vedeckými pracovníkmi v oblasti prístupu na server EPIC-XS Je Ukázalo sa, že je neoceniteľný V Odpoveďing Aktuálne Veda o živote Výskum otvoril mnoho zaujímavých možností pre otázky a budúci výskum. Prístup na web Bavorské centrum pre biomolekuly MS (BayBioMS), Je Technická univerzita v Mníchove (TUM) Asistoval mnohým výskumníkom, vrátane doktora Svena von Balea. KU Leuven, Belgicko A doktor Sylvester Holt Od Univerzita Cote d’Azur, Francúzsko. Van Bales Výskum sa zameriava na funkciu neuropeptidov a na behaviorálne účinky s nimi spojené. Kvôli širokej evolučnej obrane neuropeptidovej aktivity sa tieto často študujú vo vzorkových systémoch bezstavovcov, v tomto prípade u hlístovcov. Gynecomastia elegans. Spoločným znakom neuropeptidov sú ich Nažive Spracovanie, čo má za následok~10 aminokyselín) Zobrazuje niektoré relatívne zásadité aminokyseliny, ktoré sú výzvou pre úspešnú detekciu LC-MS / MS. Zatiaľ najviac Van Bales MS Peptidomics Research Data Acquisition (DTA) A WHile DTA je vhodný na inovačné účely a umožňuje ho nízka celková reprodukcia Nevhodný Pre presné diferenciálne štúdie. The Prístupová stránka TUM Vďaka ich odbornosti to bola ľahká voľba S rôznymi cieľovými proteomickými stratégiami, ako je monitorovanie paralelných reakcií (PRM) a zber údajov nezávislý (DIA).

„EPIC-XS mi dal príležitosť priamo komunikovať s odborníkmi v cieľovej oblasti SM. Ich skúsenosti a vstupy boli veľmi užitočné pre môj súčasný výskum a budú tým, ktoré si vezmem so sebou do svojho budúceho života,“ – Van Bale.

Dr. Holt Dopytujúci sa The Molekulárne účinky porúch odvodených z ľudských rakovinových mutácií v rámci kvasinkového modelového systému. V roku 2018 Tím V roku 1011 spolu publikovali genetické zdroje kvasiniek Prirodzené, Izoluje kmene kvasiniek zo širokej škály prírodných a domácich lokalít. VoľbaS nainštalovaný zdroj droždia Použité Preskúmať mechanizmy liekovej rezistencie, najmä pre inhibítory mTOR, a porovnať tieto mechanizmy medzi rôznymi kvasinkovými izolátmi.

„Bez EPIC-XS by tento projekt nikdy nedosiahol svoj súčasný stav Stav vedeckej excelentnosti. Získanie grantu EPIC-XS bolo pre mňa veľmi pozitívnou skúsenosťou a krokom vpred pre moju vedeckú kariéru, ”- Holt.

EPIC-XS neobmedzuje prístup k určitým žánrom v prírodných vedách a umožnil rozsiahlejšie a komplexnejšie výskumné projekty. Zahŕňa to významný pokrok vo výskume vied o zvieratách a vo veterinárnej oblasti, ktorý až do posledného desaťročia rutinne nepoužíval proteomické technológie. Dr. Andre M. De Almeida, Univerzita v LisabonePortugalsko plne podporuje túto iniciatívu.

Aj keď sa použitie proteomiky za posledných desať rokov zvýšilo, EPIC-XS je čoraz dôležitejší pre oblasti, ako sú veterinárne a veterinárne vedy. Umožňuje to komplexnejšie a komplexnejšie výskumné projekty, ktoré účinne dopĺňa tradičné prístupy, “- Z Almeidy.

Priemyselní užívatelia Zatiaľ čo väčšina používateľov pochádza zo vzdelávacích a iných výskumných inštitúcií, priemyselní používatelia profitovali z nadnárodného prístupu a priameho kontaktu s proteomikou. Christina Mason, spoluzakladateľka a vedúca globálneho podniku Agrivan Liečba vysvetľuje:

„Náš program obsahuje proteomickú špecifikáciu liekov v rôznych modeloch nádorov. Ako malý biotechnologický startup s veľmi obmedzenými zdrojmi bola podpora tohto webu neuveriteľne cenná a byť súčasťou tohto konzorcia bola dobrá skúsenosť,“ – Mason.

Na rozdiel od väčšiny používateľov EPIC-XS, CEO a zakladateľ Spectrosvis DR. Jurij Dysipin Hlavný záujem je o analýzu proteobormov zhora nadol a dole. Tento výskum si vyžaduje osobitné odborné znalosti a zručnosti členských štátov. Jeho voľba pri výbere MS pre biologické laboratórium vo francúzskom inštitúte Pastor Julia Chamotte-Rook Je zrejmá.

„Poskytnutá finančná pomoc pomáha realizovať tieto plány. My (a ďalší) si predstavujeme výsledky získané spôsobom, ktorý bude mať priamy vplyv na budúci výkon štrukturálnej analýzy monoklonálnych protilátok a iných komplexných proteínov.“Jurij.

Budúci vplyv

EPIC-XS môže poskytovať prístup všetkým európskym vedcom a nováčikom skúsenejším výskumníkom vo všetkých disciplínach prírodných vied poskytovaním pôžičiek na dosiahnutie jeho výsledkov.

Jedinečnosť tejto štruktúry dôrazne odporúčajú členovia federácie a používatelia, napríklad pri poskytovaní proteomiky zhora nadol. Pri účasti na 17^Th Výročné americké oznámenie o proteomike zhora nadol. Podobný americký rámec.

V súčasnosti je k dispozícii viac ako 70 spoločne recenzovaných publikácií s mnohými ďalšími produktmi. Väčšina z nich Štyri spoločné výskumné činnosti (JRA) vo výskumných výboroch federácie. To nie je prekvapujúce, pretože EPIC-XS má iba dva roky existencie a používateľom môže trvať mesiace, kým zhromaždia údaje a vytvoria rukopisy.

K dispozícii je úplný zoznam vydaní používateľov a podrobnosti o podaní ponuky Webová stránka EPIC-XS.

O autorovi

Martina O’Flaherty je oddanou projektovou manažérkou EPIC-XS od začiatku tejto iniciatívy Proteomics v januári 2019. Martina má vzdelanie v biochémii a MS a je na univerzite v Utrechte, kde vedie. Centrum molekulárnej imunity v Utrechte Výskumný projekt Alberta Hecka.