Omikrónové podtypy vysvetlili: čo sú a čo vieme

Vzostupný omikrónový podtyp BA.5 sa môže stať dominantnou formou Covid-19 na Novom Zélande v priebehu nasledujúcich štrnástich dní. Už teraz však existujú prvé náznaky, že ho môže nahradiť ďalší vznikajúci podvariant Omicron. Ktoré sú a čo vieme? Vedecký reportér Jamie Morton vysvetľuje.

Alpha, Beta, Delta, Omicron BA.2, BA.5 a teraz BA.2.75.

Pre nás ostatných môže byť ťažké držať krok, ale pre virológov je lepšie pochopiteľné, prečo vznikajú nové varianty a podtypy, ako sú tieto, a spôsobujú zmätok.

Ako sa vírusy šíria, replikujú sa kopírovaním vlastných génov. V tomto procese niekedy robia chyby – vytvárajú to, čo poznáme ako mutácie.

Čím dlhšie a ľahšie sa vírus nechá šíriť z hostiteľa na hostiteľa, tým rýchlejšie sa naučí, ako ho najlepšie infikovať.

Ak konkrétna mutácia nájde nejakú výhodu, napríklad lepšiu inváziu do našich buniek, tá prospešná „chyba“ zostane okolo.

Medzi všetkými variantmi Covid-19, ktoré sme doteraz videli, je kľúčovou vlastnosťou šikovná zmes špecifických mutácií meniacich štruktúru, ktoré im pomohli tak rýchlo sa šíriť.

Tie sa často dejú okolo vírusového „špičkového proteínu“, ktorý používa špecifický receptor na vstup do našich buniek – a to sa stalo aj s najnovšími Omicronmi.

BA.1

Keď sa Omicron objavil v Južnej Afrike koncom roka 2021 a začal svoj globálny vývoj, dostal označenie B.1.1.529 alebo BA.1.

Vedci rýchlo zistili, že obsahuje alarmujúci počet mutácií – a je schopný sa množiť v pľúcnych dýchacích cestách asi 70-krát rýchlejšie ako delta.

Hoci je menej smrteľný ako Delta – štúdie ukázali, že Omicron infekcie sú o 91 percent menej smrteľné ako Delta, s 51 percent nižším rizikom hospitalizácie – tento variant sa rýchlo šíril a unikol imunite.

Zatiaľ čo dve dávky vakcíny poskytli len 30 až 40 percentnú ochranu pred infekciou a 70 percentnú ochranu pred hospitalizáciou, nedávna posilňovacia dávka zvýšila účinnosť proti infekcii na približne 75 percent a 88 percent pri ťažkých ochoreniach.

Delta čoskoro dominovala – netrvalo však dlho a vláda „pôvodného“ Omicronu sa skončila.

BA.2

BA.1 sa začal objavovať na hraniciach Nového Zélandu koncom minulého roka a tvrdo mu v pätách prišiel ďalší podtyp, BA.2.

Prvá vlna v krajine bola poháňaná kombináciou oboch, pretože obe sa začali v našich komunitách rozširovať koncom leta.

Toto bolo na rozdiel od miest v zámorí, na ktoré zaútočila BA.1, len aby narazili na druhé vlny prevádzkované BA.2.

Do polovice jesene BA.2 nahradil BA.1, o 30 až 50 percent menej nákazlivý ako jeho nástupca.

Agentúra pre zdravotnú bezpečnosť Spojeného kráľovstva zistila, že vysoká prenosnosť BA.2 a krátky interval prenosu – keď jedna infikovaná osoba začne prejavovať symptómy a ďalšia osoba začne prejavovať symptómy – sú faktormi za jej vysokou prevalenciou.

Dôležité je, že agentúra tiež uviedla, že neexistuje žiadny zásadný rozdiel v účinnosti vakcíny proti týmto dvom kmeňom; V skutočnosti bola ochrana pred symptomatickým ochorením mierne vyššia pre BA.2 (74 percent po dvoch až štyroch týždňoch) ako pre BA.1 (69 percent).

Hoci štúdie naznačujú, že BA.2 môže byť odolnejší voči liečbe monoklonálnymi protilátkami, zatiaľ nie je dostatok presvedčivých údajov, ktoré by ukázali, že infikuje ľudí.

V porovnaní s BA.1 a BA.2 sú prípady BA.3 s „deléciou“ génu podobnou BA.1 oveľa zriedkavejšie.

BA.4 a BA.5

Modelári sa rozhodli spustiť našu druhú vlnu Omicron koncom zimy alebo dokonca na jar – ale zdá sa, že príchod BA.4 a BA.5 teraz priniesol tento nárast do júla.

Hoci sa štúdie stále objavujú, oba podtypy sú o 36 percent infekčnejšie ako BA.2 – a oveľa lepšie sa vyhýbajú imunitnému systému.

„BA.2 stále prevláda v celej krajine – ale jeden z troch prípadov novozélandskej komunity je už BA.4 alebo BA.5 – a väčšinou BA.5,“ povedala virologička z University of Otago Dr Gemma Geogheganová.

„Preto môžeme očakávať, že BA.5 sa stane dominantným variantom – alebo bude predstavovať viac ako 50 percent prípadov – v priebehu nasledujúcich dvoch týždňov.“

Nedávny monitoring odpadových vôd ukázal, že 19 z 20 lokalít bolo pozitívnych na BA.5.

„Vyzerá to, že ide banány.“

BA.4 a BA.5 boli zistené v Juhoafrickej republike v januári a vo februári – predtým, ako sa rozšírili do sveta.

Do konca júna tvorili asi 55 percent najnovších globálnych vzoriek.

Hoci zdieľali mnohé z rovnakých mutácií ako BA.1, boli podobné ako BA.2 – opäť niesli ďalšie mutácie, ktoré mohli zmeniť ich charakteristiky.

Oba podtypy mali rovnaké gény pre spike proteín a tiež niesli mutáciu L452R – mutáciu, ktorá bola predtým objavená v Delte a o ktorej sa predpokladá, že pomôže vírusu lepšie sa viazať na ľudské bunky.

Ďalšia zmena, nazývaná mutácia F486V, nastáva blízko bodu, kde sa spike proteín pripája k našim bunkám, čo môže tiež pomôcť nášmu imunitnému systému obísť.

PA.2.12.1

Koncom minulého mesiaca bola BA.2.12.1 – dvanásta línia, ktorá rozdelila BA.2 – jedným z 10 prípadov Covid-19 sekvenovaných na Novom Zélande.

„Tento subvariant má rastovú výhodu oproti BA.2 a je teraz všade, najmä v USA, kde sa stal divokým,“ povedal Geoghegan.

„Vidíme veľa prípadov PA.2.12.1 na Novom Zélande a veľa importovaných prípadov tohto variantu zo zámoria.“

Vedci zistili, že BA.2.12.1 má 20 rovnakých mutácií ako BA.1 – ako aj sedem ďalších mutácií, vrátane L452R. Ale nič nenasvedčuje tomu, že BA.2.12.1 porazí BA.4 a BA.5.

Štúdia zverejnená tento týždeň skúmala schopnosť protilátok neutralizovať nové podtypy u ľudí, ktorí dostali aspoň tri dávky vakcíny mRNA alebo ktorí dostali dve injekcie a potom sa nakazili Omicronom.

Zistili, že zatiaľ čo BA.2.12.1 bol len mierne odolnejší ako BA.2 u očkovaných a posilňovaných jedincov, BA.4 a BA.5 boli najmenej štyrikrát odolnejšie ako ich predchodcovia.

PA.2.75

Ak je pravdepodobné, že BA.4 a BA.5 budú stredobodom záujmu, je to BA.2.75.

Prvýkrát potvrdené v piatok na Novom Zélande – pochádza od dvoch ľudí, ktorí nedávno cestovali z Indie – BA.2.75 je ďalším novým podtypom druhej generácie BA.2.

„Vieme, že BA.2.75, podobne ako podtypy BA.4 a BA.5 Omicron, má niektoré vlastnosti, ktoré zrejme zlepšujú jeho schopnosť vyhýbať sa imunitnému systému, a existujú určité predbežné dôkazy v zámorí. BA.2,“ ministerstvo povedal včera zdravotník.

„Neexistuje žiadny súčasný dôkaz, že to vedie k závažnejšiemu ochoreniu, hoci vyhodnotenie dôkazov je v počiatočnom štádiu.“

BA.2.75 obsahovala všetky mutácie BA.2 – ako aj ďalších osem vo svojom spike proteíne.

„Na porovnanie, BA.4 a BA.5 majú tri ďalšie mutácie v porovnaní s BA.2 – takže vyzerá rozmanitejšie ako ostatné,“ povedal Geoghegan.

„Z údajov zo zámoria sa zdá, že BA.2.75 má silnú rastovú výhodu a ak bude dominovať inde, môže sa to stať aj tu.

„Aj s našimi laxnejšími hraničnými systémami nebudeme mať rovnaký náskok ako predtým.“

Pokiaľ sa omikrón bude naďalej vyvíjať – najmä u ľudí s pretrvávajúcimi infekciami, ale aj u zvierat – môžeme očakávať, že v epidemickej krajine uvidíme ďalšie subvariácie, povedal Geoghegan.

„Nemyslím si, že existujú nejaké antigénne hranice, kam môže tento vírus zájsť.“